Struktur Organisasi STT Ebenhaezer
- Pdt. Dr. Yanjumseby Y. Manafe, M.AKetua STT Ebenhaezer
- Dr. Fanny Y.M. Kaseke. S.PWaket I Bid. Akademis, Perencanaan dan Sistem Informasi (APSI)
- I Made Suharta. M.Pd., M.A.Waket II Bid. Administrasi Umum dan Keuangan (AUK)
- Pdt. Drs. Rustam Siagian. M.ThWaket III Bid. Kemahasiswaan, Alumni dan Kerjasama (KAK)
- Pdt. Sri WahyuniWaket IV Bid. Penelitian dan Pengembangan (LITBANG)